以嗜熱細菌和光合細菌處理為例。嗜熱細菌采用堆肥機理處理污水。 高溫好氧堆肥是在污泥中加入一定比例的膨松劑和調理劑（如秸稈、稻草、粉煤灰或生活垃圾等），其作用包括通過反稀釋降低污泥水份和膨松兩個方面。好氧微生物群落在潮濕、有氧環境下對廢物中的多種有機物吸收、氧化、分解，轉化為腐殖質。研究表明，經過好氧堆肥的污泥質地疏松，陽離子交換量（CEC）顯著增加、容重減小、可被植物利用的營養成分增加。好氧分解主要是利用嗜熱細菌群，分解氧化有機物，同時釋放出大量的能量。有機物生化降解的同時伴有熱量產生，堆肥物料溫度上升至60～70℃，致使病原菌和寄生蟲卵死亡。美國環保署公布的503 法案中，控制生物固體致病菌對時間—溫度的最低要求：55℃通氣靜態倉式堆肥系統堆體至少保持3 天，翻垛式堆肥系統至少持續15 天并翻堆5 次，可以滅活病原菌。試驗證明污泥在好氧堆肥裝置中可達到55℃以上的高溫并維持3 天以上的時間，充分殺滅病原微生物，達到無害化標準。目前世界各國采用的方法有靜態和動態堆肥兩種，如自然堆肥法，圓柱形分格封閉堆肥法，滾筒堆肥法，豎式多層反應堆肥法以及條形靜態通風等堆肥工藝。發達國家多采用現代工業化的筒倉發酵工藝，以適應環境敏感地區污泥堆肥無害化處理的要求。 堆肥的意義 高溫好氧堆肥工藝作為污泥無害化處理的手段具有一次性投資小，運營成本低，處理量大，操作維修簡便等優勢。現代容積式堆肥裝置和生物技術的發展與進步，有效克服了傳統堆肥技術占地面積大、臭氣不易收集處理、發酵周期長等缺陷，拓展了高溫好氧堆肥技術的應用領域與環境。光合細菌處理污水光合細菌是一種古老微生物，在維持地球水生態系統平衡過程中起著極其重要的作用，是一種不可多得的有益菌群。光合細菌是最為復雜的自然菌群之一，共分四科：1、紅色非硫磺細菌。2、紅色硫磺細菌。3、綠色硫磺細菌。4、滑行絲狀綠色硫磺細菌。現已分離獲得四個科屬61種光合細菌。　光合細菌是自然水生生態系統食物鏈及物質循環的重要組成部分，水生生物的排泄物、餌料殘渣及排入的有機污染物被簡單分解為有機酸、氨基酸、氨等后，光合細菌會把這些分解物質作為光合原料加以利用，起到凈化水質的作用，同時，其自身也成為輪蟲、蚤類的食物，而后者又是養殖生物的重要餌料。　光合細菌能直接消耗利用水中有機物、氨態氮和硫化氫，并可通過反硝化作用除去水中的亞硝酸鹽，并能將池內的殘餌、糞便等完全分解并加以吸收利用，避免沉積池底后發酵而產生有害物質。多數光合細菌具有脫氮，固氮，產氫，同化一定濃度H2S的能力以及凈化高濃度有機廢水的作用。所以光合細菌是一種很好的水質改良劑，能為水產動物提供非常有利的生活和生長環境。光合細菌還有間接增氧的作用。